Bacharuddin Yusuf Habibie doktorasını Almanya’da tamamladı.
Habibie, bir havacılık mühendisi olarak havacılık alanında önemli çalışmalara imza attı.
1965 yılında Aachen Enstitüsü'nden doktora derecesiyle mezun olan Habibie, Messerschmitt-Boelkow-Bluhm uçak imalat firmasına katıldı ve Başkan Yardımcısı olarak görev yaptı. Bilim insanı ve havacılık mühendisi olarak, çeşitli uçakların tasarımında yer aldı, bu tasarımlar arasında dikey kalkış ve iniş yeteneklerine sahip olan Do-31 gibi yenilikçi uçaklar bulunmaktaydı. Uçaklardaki çatlama sorunlarının çözümünde uzmanlaştı ve rastgele çatlak yayılmasının dinamiklerini hesaplayan ilk bilim adamlarından biri olarak "Mr. Crack" takma adını kazandı. Habibie'nin bu alandaki uzmanlığı, Endonezya'nın teknik gelişimine önemli katkılarda bulunmasına neden oldu.