Harabati Baba Tekkesi Balkan Savaşları sırasında harabeye döndü.
Balkan Savaşları sırasında harabeye dönen Harabati Baba Tekkesi, 1948'de eşkıyalar tarafından yakıldı.
1945 yılında kapatılan dergâh, 1948 yılında haydutlar tarafından yakıldı. Ayrıca, Yugoslavya döneminde, yapılar turistik bir tesise dönüştürüldü ve içinde otel, restoran gibi yerler işletildi. Yugoslavya'nın çöküşü ile 1992'de dergâhın, Kış Evi ve Meydan Evi gibi bazı bölümleri yeniden açıldı. 2001'deki Ohri Çerçeve Antlaşması'ndan sonra otel ve restoran olarak kullanılan bölümler kapatıldı. 2003 yılında dergâhın kullanımı konusu Sünni Birliği ve Bektaşi Birliği arasında mahkeme konusu oldu.