Humeyni İran'ın dinî lideri oldu.
Humeyni dinî lider ve merci-i taklid olarak ilan edildi.
1961 yılında Burucerdi'nin vefat etmesinin ardından Humeyni, dini liderliğin yeni sahibi olarak kabul edildi ve birçok İranlı Şii tarafından takip edilen bir merci-i taklid olarak görüldü. 1962 yılının sonbaharında hükümet, belediye seçimlerinde kazananların Kur'an üzerine yemin etme zorunluluğunu kaldıran bir yasa çıkardı. Humeyni, bu yasayı Bahailerin kamu alanında faaliyet göstermesine izin veren bir plan olarak gördü ve bu nedenle yasayı iptal ettirmeyi başardı. Bu durum, Humeyni'nin Şah'a karşı en önemli muhalefet figürlerinden biri olarak ortaya çıkmasında etkili oldu.