Pesantrenlerin yapısında değişiklikler yapılmaya başlandı.
Pesantrenler, Batı etkisiyle müfredatlarını geliştirdi, bunun yanı sıra geleneksel eğitim modellerini korurken bir yandan da modern eğitime adapte oldu.
Pesantrenler, 1930'lardan itibaren yenilikçi toplulukların Batı tarzı özel okullar kurmasından ilham alarak kendi müfredatlarını geliştirmeye başladılar. Ancak 1960'lar ve 1970'lerde, Endonezya'da ilköğretimin zorunlu hale gelmesiyle Din İşleri Bakanlığı'nın köyler dahil olmak üzere binlerce yeni ilkokul ve medrese açmasının etkisiyle pesantrenler kendilerini tamamen yenilemek zorunda kaldılar. Pesantrenler, geleneksel eğitim özelliklerini korumaya çalışırken aynı zamanda modern eğitim sistemine uygun yeni okullar ve kurslar açarak varlıklarını sürdürmeye çalıştılar. Ancak iyi eğitim almış öğretmenlerin eksikliği ve bazı geleneksel uygulamalara ve düşünce tarzlarına bağlılık nedeniyle, Hristiyanlar ve yenilikçi Müslüman gruplar tarafından kurulan özel okullar ve devlet okulları ile aynı eğitim kalitesine sahip olamadılar.
